Mitä ovat Blup-indeksit?

Flateille saatiin vuonna 2004 tietokantaan lonkkaindeksit — siitä kiitokset Katariina Mäelle, joka indeksit on laskenut. Indeksit ovat vielä sen verran uusi juttu koiranjalostuksessa, että on syytä vähän valottaa, mistä oikein on kyse.

BLUP-indeksi on ennuste eläimen perinnöllisestä arvosta, genotyypistä. Se ei siis kuvaa eläimen omaa tilaa, fenotyyppiä, kuten esimerkiksi lonkkaröntgenkuva. BLUP-indeksi on rodun aineiston perusteella laskettu arvio siitä, millaiset koiran perintötekijät ovat, eli mikä on koiran arvo jalostuseläimenä kyseisessä ominaisuudessa. Se on todellakin vain arvio, ei muuta. Tosin se on tämän hetken paras tunnettu arvio. Ainut keino selvittää koiran geneettinen taso tätä varmemmin on geenitesti. Sellaista ei lonkka- ja kyynärvialle ihan lähitulevaisuudessa ole odotettavissa.

Indeksilaskenta otettiin Suomessa käyttöön tuotantoeläinjalostuksessa vuonna 1990. Se on osoittautunut tehokkaaksi tavaksi arvioida jälkeläisten terveyttä, hedelmällisyyttä ja muita ominaisuuksia. Suomenajokoirille indeksejä lasketaan sekä lonkkadysplasialle että metsästysominaisuuksille. Saksassa sekä muutamissa USA:n opaskoirakenneleissä on indeksien avulla saavutettu huomattavaa edistymistä koirien lonkkanivelen kasvuhäiriön vähentämisessä.

Indeksin laskenta

Indeksi lasketaan tilastollisesti, ns. BLUP-eläinmalli-menetelmällä (BLUP = Best Linear Unbiased Prediction), jossa otetaan huomioon jokaisen eläimen tulokseen vaikuttaneita ympäristötekijöitä. Lisäksi indeksiin vaikuttavat eläimen oman tuloksen ohella kaikkien sen sukulaisten tulokset. Näin saadaan eläimen perinnöllinen taso kyseisessä ominaisuudessa esiin. Ympäristötekijät saavat aikaan sen, että esimerkiksi A-lonkkaiset koirat voivat saada jopa D- tai E-lonkkaisia jälkeläisiä. Koiran oma lonkkatulos ei siis aina kerro totuutta sen jalostusarvosta.

Suomessa lonkkaindeksit lasketaan numeroimalla lonkkatulokset ja ottamalla lonkista jokaiselle koiralle vasemman ja oikean nivelen keskiarvo. Siten esimerkiksi koira, jonka toinen lonkka on B ja toinen C, saa indeksilaskennassa käytettäväksi tuloksekseen 2.5, kun A on numeroitu 1:ksi, B 2:ksi, C 3:ksi ja D 4:ksi. E-kirjainta painotetaan numeroinnissa suhteessa muihin, sen numeerinen arvo on 5.5. Näitä yksittäisten koirien tuloksia käsitellään laskennassa yhdessä koko rodun tulosten kanssa.

Koirista muodostetaan rekisteritietojen perusteella sukupuu, ja kaikki koirat, jotka linkittyvät kuvattujen koirien sukupuuhun, saavat indeksin — sekä oman tuloksensa että sukulaistensa tuloksen perusteella. Koiran täytyy siis olla jonkun kuvatun koiran sukupuussa, tai sillä itsellään täytyy olla tulos.

Ympäristötekijöiden korjauksessa huomioidaan aineistosta löytyvät, tietystä ympäristötekijästä aiheutuvat erot koirien tuloksissa. Esimerkiksi kasvattajien välisiä eroja saadaan tunnistettua ja otettua huomioon jokaisen yksittäisen koiran tuloksessa. Tämä tekee eri kasvattajien koirat keskenään vertailukelpoisiksi. Jos taas yksittäinen kasvattaja jonain vuonna muuttaa täysin ruokinta- ja kasvatusmenetelmiään, huomioi syntymävuoden mukaan tehty korjaus tämän. Eri vuonna syntyneiden koirien tuloksissa tunnistetut erot saadaan syntymävuosikorjauksella otettua huomioon. Muita korjattavia tekijöitä ovat koiran kuvausikä, sukupuoli, pentue johon koira kuuluu, sekä kuvien arvostelija.

Indeksilaskennassa ovat kulloinkin mukana kaikki Kennelliiton tietokannasta löytyvät tulokset, alkaen siis vuonna 1988 kuvatuista koirista. Sitä aikaisemmin kuvattujen koirien tulokset eivät ainakaan tällä hetkellä sisälly aineistoon, eivätkä ne näin ollen vaikuta myöskään sukulaistulosten muodossa laskentaan. Sukulaistietoihin sisältyvät kaikki Kennelliiton tietokannassa olevat rekisteröidyt koirat, ennen vuotta 1988 syntyneet mukaanlukien. Kennelliiton tietokannasta tiedot siirretään sellaisinaan noutajatietokantaan.

Indeksien tulkinta

Rodun indeksien keskiarvo on 100. Se tarkoittaa sitä, että rotuun nähden genotyypiltään keskiarvoinen koira saa tuloksen 100. Alle sadan koira on huonompi ja yli sadan koira parempi kuin aineistossa olevat rodun yksilöt keskimäärin. Mitä suurempi indeksi on, sitä parempi koira on genotyypiltään. Indeksit vaihtelevat yleensä välillä 65–135. Joitakin erityisen hyvän tai erityisen huonon indeksin saaneita koiria on vielä näiden rajojen ulkopuolellakin.

Ulkomailta tuotu koira, jonka sukutaulussa ei ole koiria, joilla olisi Kennelliitossa kuvaustulos, saa aina indeksin 100. Indeksi päivittyy aikanaan koiran mahdollisten jälkeläisten ja myöhemmin löytyvien (tuotujen jne.) sukulaisten perusteella.

Flateilla lonkkaindeksien keskiarvo 100 on suurin piirtein A:n ja B:n väliltä. Omien jälkeläisten tulos muuttaa tilannetta jälkikäteen, ja indeksejä päivitetään tarpeen mukaan. Koiran tulos voi siis muuttua, mikäli tarvittavia kuvaustuloksia on kertynyt, kun tiedot päivitetään. Vaikka koiran lähisukulaisista ei kuvata uusia koiria, niin koiran oma indeksi saattaa muuttua, koska koko rodun tilanne saattaa kehittyä suuntaan tai toiseen. Koiran indeksi on aina suhteessa koko rodun tilanteeseen. On siis tärkeää saada mahdollisimman suuri osa koirista kuvatuksi.

Indeksien varmuusluku

Koiran indeksin arvosteluvarmuus vaihtelee välillä 0 - 100 %, ja siihen vaikuttavat koirasta ja sen lähisukulaisista saatujen tulosten määrä sekä ominaisuuden periytymisaste. Sileäkarvaisella noutajalla lonkkaniveldysplasian periytymisaste on 0,26 eli melko suuri. Kun periytymisaste on suuri (yli 0,40), on koiran omakin tulos aika varma jalostusarvon ennuste. Kun taas periytymisaste on pieni (alle 0,10), koiran oma tulos on epävarmempi, ja silloin tarvitaan sukulaistuloksia jalostusarvostelun varmistamiseksi. Mitä enemmän koiralla on tutkittuja lähisukulaisia, sitä varmempi indeksi on. Eniten laskennassa painotetaan vanhempien, sisarusten ja jälkeläisten tuloksia. Indeksiä voidaan kuitenkin aina pitää pelkkää omaa tulosta varmempana, silloinkin kun sukulaistuloksia on vain muutama, koska siitä on poistettu häiritsevien ympäristötekijöiden vaikutuksia.

Vaikka indeksi on fenotyyppiarvoa varmempi, ei se kuitenkaan tarkoita sitä, että koira, jonka indeksi on 120, saa vain A-lonkkaisia jälkeläisiä. Jokainen koira siirtää vain puolet jalostusarvostaan jälkeläiselleen. Esimerkiksi uros, jolla on indeksi 120, siirtää tästä 60 pisteen verran geenejään jälkeläiselleen. Loput geenit tulevat emän puolelta. Hyvän jalostusarvon omaava koira voi saada jälkeläisiä, joilla on lonkkanivelen kasvuhäiriö. Jälkeläisen kasvuhäiriö on sen fenotyyppi, eikä se välttämättä ole yhteydessä sen genotyyppiin, jalostusarvoon. Epäsuotuisat ympäristötekijät voivat saada aikaan kasvuhäiriön sellaisillekin koirille, joilla on vain pieni perinnöllinen alttius kasvuhäiriöihin. Indeksi siis ennustaa vain ja ainoastaan periytyvää jalostusarvoa, se ei kerro tarkkaan jälkeläisten fenotyyppituloksia.

Käytännön jalostusvalintaa voidaan tehdä indeksien perusteella valitsemalla yhdistelmiä, joiden keskiarvo (nartun ja uroksen indeksien keskiarvo) on parempi kuin koko rodun keskiarvo, eli yli 100. Tämä uroksen ja nartun indeksin keskiarvo vastaa suunniteltujen pentujen indeksien odotusarvoa. Kun tietoa koirista kertyy lisää, indeksejä päivitetään. Yksittäisen koiran indeksi muuttuu laskentakerrasta toiseen, jos tietoa koirasta itsestään, sukulaisista ja muista rodun koirista saadaan lisää.

Artikkelin pohjana on käytetty Katariina Mäen tekstiä.